GES larning asosiy manbai, energiya zahiralarining doimo oqib turadigan daryo suvi hisoblanadi. GES lar atrof-muhit, havo, suv, tuproqni chang, kul, azot va oltingugurt oksidlari bilan iflos qilmaydi. Lekin GES lar ham, o'z navbatida, tabiatga juda katta zarar keltirmoqda. Hozirgi vaqtda GES suv omborlari tomonidan 90000 km² yer yoki har bir ishlab chiqarilgan kvt uchun 0,5 m2er suv ostida qolgan. Shu jumladan, 0,17 m²/kvt ga qishloq xo'jalik eri va 0,23 m²/kvt ga o'rmonzorlar suv ostida qolgan. Suv omborlarining qurilishi natijasida shu suv havzasining qirg'oqlari emiriladi, atrof tabiiy muhitni o'zgarishiga olib keladi. Ya'ni qurg'oqchilik, er osti svlarining ko'tarilishi, erning sho'rlab ketishi kabi holatlar O'zbekistonda qurilgan turli suv omborlari (Tuyamo'yin, Talimarjon, Chordara, Qayroqqum, Andijon) atrofida yaqqol sezilmoqda. GES lar qurilishi bilan hosil bo'ladigan suv omborlari baliqchilikning rivojlanishiga imkon beradi. Lekin shu tumanda muhit haroratining pasayishining natijasida paxta ochilishi orqaga surilmoqda, ko'plab hosildor erlar, o'tloqzorlar suv ostida qolib, tiklab bo'lmaydigan holda nobud bo'ladi.