Тушаладиган жинсларни, усимлик коплама изларини ва колдикларни куриб чикиб хар хил чикинди жинсларни, ёнувчи казилмаларни таркибини урганиб, тузилишини текшириб, пайдо булишини аникдаб олиш мумкин. Газсимон ва суюк, моддаларни келиб чикиш жараёнларини аниклаш жуда хам кийин.

Хеч кандай колдиклар ва излар уларда йук. Бу моддалар харорат, босим ва бошкд ташки омиллар таъсирида доимо узгариб, уз жойларини, таркибини ва физик холатини узгартириб туради. Бу холат нефтни пайдо булишини текширишда кийинчилик тугдиради, шунинг учун нефтни пайдо булиши хакида куп назариялар вужудга келди. М.В.Ломоносов биринчи булиб ёнувчи казилмалар буйича илмий асосланган назарияни ишлаб чикди. Унда ёнувчи казилмалар, нефт хам, усимлик к,олдик,лари аста-секин торф кулранг кумирга айланиб, кейин кумир курук, таркибий кисмларга ажралиб парчаланиши натижасида нефт пайдо булади деган фикр киритган.

Буюк рус олими Д.И.Менделеев томонидан нефт неорганик бирикмалардан пайдо булиш гипотезаси узок, вакт мавжуд эди. Ер остида металл карбидларга сувни таъсири натижасида нефт пайдо булиши изчил назариясини яратган. Д.И.Менделеев ер остида огир углеродли металлар карбид темир борлигини тахдил кдлган. Денгиз суви,  ер остига кириб, юкори харорат ва босим таъсирида реакцияга кириб, турли углеродларни ташкил этиб, кейинчалик хар хил узгаришларга, зичланишларга дучор булиб нефт пайдо булган.

Хозирги вактда нефт органик бирикмалардан ташкил топган. Нефт органик бирикмалардан пайдо булишини замонавий назария асосчиси, академик И.М.Губкин яратди. Академиклар А.Е.Архангельский ва Н.Д.Зелинский, профессор Б.А.Соколов томонидан шу саволлар буйича куп изланишлар олиб борилган.

Хар хил органик усимликлар ва хайвонот колдиклари нефтнинг углеводород бирикмалари пайдо булишида бошлангич материаллар булиб, хисобланади. Шу жараёнда нафакат юкори даражали усимлик материаллари балки бир хужайрали микроорганизмлар хам иштирок этган.

Органик колдикларни кайта узгартиришда бактерияларни ахамияти катта. Органик моддаларнинг йигилиши ва уларнинг кейинги парчаланишлари турли геологик даврларда ва жойларда хар хил руй берган. Органик колдиклар углеводородларга айланма харорат, босим, радиактив нурланиш, бактерия фаолияти, атрофдаги жисмларнинг таркибининг таъсирлари катта ахамиятга эга.